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Service

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De Novo Sequencing

Overview

밝혀지지 않은 미생물이나 동식물의 전체 genome sequence를 분석하는 것으로, 얻어진 결과를 바탕으로 육종이나 질병에 대한 유전적 요소들을 밝힐 수 있습니다. Illumina Hiseq Short read와 디엔에이링크가 보유하고 있는 Pacbio RS II 에서 생산되는 long read를 모두 활용하여 genome assemble finishing에 최적화된 서비스를 제공합니다.

PacBio RS II System Read length distribution(P6-C4 최신 chemistry)

Benefit

De Novo assemble에서 long reads의 구성이 많을수록 긴 contig를 만들어내기 때문에 long reads는 강점이 될 수 있으며, 3세대 sequencer인 Pacific Biosciences사의 SMRT(Single Molecule Real Time) RS는 실시간으로 amplification 과정 없이 single molecule을 길게 읽을 수 있는 장점을 가지고 있습니다. long reads로 인해 repeat region과 GC rich region이 극복되며, long reads 만으로도 single contig를 얻을 수 있으며, long reads에 short reads를 hybrid assembly 하여 error를 교정하여 accuracy를 높여 좋은 결과를 얻을 수도 있습니다.

  • scaffolding of large genomes
  • Longest read lengths with over 20,000 bp observed
  • Greater than 99.999% (QV 50) accurate sequencing
  • Sensitivity to detect minor variants at frequency less than 0.1%
  • No amplification bias and least impacted by GC content
  • Coverage uniformity
  • Shortest run time
  • De Novo Assembly: Reduce Ambiguities
  • Complete microbial genomes and improve assemblies of larger organisms
  • Read lengths up to 20kb, unbiased genome coverage, and high accuracy

Workflow

gDNA -> gDNA QC -> DNA Library Preparation -> On-Instrument DNA sequencing -> Bioinformatics

Sample requirements

sample quantity required :
 -short-insert libraries: ≥3 µg
 -Large-insert libraries: ≥20 µg
sample concentration :
 -short-insert libraries: ≥ 40ng/ul
 -Large-insert libraries: ≥ 200ng/ul
sample quality : A260/280:1.8-2.0, A260/230: ≥ 1.8 , Intacted DNA, RNA-free DNA, non-degraded

Turnaround time

About 4 weeks