image

Service

This section provides basic information about Service

Epigenome Sequencing

Overview

유전체의 구조적, 기능적 정보와 더불어 후성학적인 유전자 발현조절 시스템도 유전자의 전사과정에 중요한 역할을 하는 것으로 밝혀짐에 따라 이 기전에 대한 연구의 필요성이 커지고 있습니다. 후성유전체는 생물체의 환경에 의해 변화 되며 유전되는 특징을 가지므로 이에 대한 연구를 통해 관련된 질병의 진단과 치료를 위한 핵심적인 기반을 마련할 수 있습니다.

Applications for service are as follow

ChIP
(Chromatin immunoprecipitation

전사인자 결합부위, modification 부위를 면역침강반응을 이용하여 분리하여 대규모로 보기 위한 Sequencing 기법
MBD
(Methyl-CpG Binding domain protein)

Methyl-CpG binding domain protein을 이용하여 선택적으로 capture된 DNA구간을 Sequencing하는 기법


MeDIP
(Methylated DNA immunoprecipitation)

메틸레이션된 Cytosine에 결합하는 Antibody로 면역침강 반응을 이용하여 선택적으로 capture된 구간을 sequencing하는 기법
Agilent SureSelect Human Methyl-Seq kit
Solution Hybridization 방식을 이용해 이미 잘 알려진 methylation 구간을 capture 하여 분석하는 방식으로 Cancer-tissue specific DMRs, GENCODE promoters, CpG islands을 포함

Experiment Workflow

Sample requirements

구분
Material
Amount
Conc(ng/ul)
Platform
Chip-Seq

ChIPed

30ng

1ng/ul



Illumina HiSeq2000/2500
MeDIP-Seq
MBD-Seq

gDNA
20ng
30ng/ul
Methyl-Seq(Agilent SureSelect)
3ug
60ng/ul

Turnaround time

Hiseq : within 4 weeks
Ion Proton : within 3 weeks

Bioinformatics

Methylseq

ChIPseq

Additional

Data Report

  1. SureSelect Human Targeted and Whole Genome Bisulfite Sequencing Analysis
  1. Peak Positions Identification Analysis
  1. DMR (Differential Methylation Region) Analysis
  1. Sequencing Summary
  2. Methylation Summary
  3. DMR Report