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Service

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mRNA Sequencing

Overview

최근 Next Generation Sequencing technology(차세대 염기 서열 분석법)의 발달로 대용량의 sequencing 데이터 생산이 가능하게 되었습니다. 이러한 데이터를 이용한 whole transcriptome 분석은 유전자간의 발현 차이 뿐만 아니라 novel transcriptome 및 isoform의 발견, fusion gene등의 분석 정보를 제공합니다.

RNA Sequencing 개요

Application
Method
특징
Sequencing Platform
mRNA
poly-T oligo를 이용한 selection
Strand specific 가능


Hiseq 2000/2500&Ion ProtonTM
Total RNA
rRNA Depletion
Strand specific 가능
mRNA와 다양한 종류의 non coding RNA (lincRNA,snRNA, snoRNA)의 분석 가능
Small RNA
Size selection(20~70bp)
Non coding RNA or micro RNA를 분리하여 분석

Benefit

RNA-seq vs Microarray
RNA-SEQ
Microarray
재현성 있는 data의 생산
O
O
Dynamic range
105
102
Background signal
Low
High
Alternative splice site 확인
O
X
Novel Isoform(Fusion등)의 발견
O
X
표준 유전체 정보가 없는 시료의 분석
O
X

Workflow

Sample requirements

구분
Hiseq
Proton
Quality
RIN ≥ 8 , No DNA contamination
RIN >7, high-quality, intact RNA
Concentration
≥100ng/ul
≥100ng/ul or ≥625ng/ul
Amount
Total RNA 2ug
RNA 6ug

Turnaround time

Hiseq : within 4 weeks
Ion Proton : within 3 weeks