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Single cell sequencing

Overview

기술의 발전을 통해 분자생물학 분야의 시퀀싱 기술과 세포 생물학분야의 단일 세포 생물학이 접목되어 single cell 시퀀싱 기술이 가능하게 되었다. single cell 시퀀싱 기술은 단일 세포 각각을 바코드를 이용하여 cell 각각을 시퀀싱 함으로써 single cell 단위의 분자생물학 연구를 가능 하게 하였다. single cell 단위의 Mutation 분석을 통해 0.1%대의 clonal variants 를 확인 할 수 있고, 세포 단위의 Gene Expression을 이용한 clustering analysis 를 통해 Cell Type을 구분하고 대량의 정량화된 cell population 이 확인 가능 하다. 이보다 더 발전된 기술로 single cell 단위의 Copy Number Variants, Immune profiling 및 Antibody 를 이용한 cell surface protein 분석도 가능 하게 되었다. 앞으로 단일세포 시퀀싱 기술은 암 및 각종 질환 연구에서 지금까지 해결하지 못했던 많은 문제들을 해결 하기 위한 최고의 솔루션으로 자리 잡을 것이다.

10X, SingleCell Gene expression 3’

Workflow Sample requirements
1x107/mL의 cell

Turnaround time
About 4 weeks

10X, SingleCell Gene expression 5’, immune profiling

Workflow

Sample requirements
1x107/mL의 cell

Turnaround time
About 4~6 weeks

10X GENOMICS Single cell Application

Single Cell CNV

Single Cell GE

Single Cell immune

Single Cell ATAC

Cells per channel

100-1000

500-80,000

100-80,000

500-10,000

Read pairs/cell

750,000

20,000

5,000

25,000

Reagent & Consumable

Chromium Chip C, Chromium Chip D, Chromium Single Cell DNA Cell Bead Kit, Chromium Single Cell DNA Library and Gel Bead Kit

Chromium Chip B, Chromium Single Cell 3’ Library & Gel Bead Kit

Chromium Chip A, Chromium Single Cell 5’ Library & Gel Bead Kit, Chromium Single Cell V(D)J Enrichment Kit

Chromium Chip E, Chromium Single Cell ATAC Library & Gel Bead Kit

Sample type

cell

cell, nuclei

cell

nuclei

Read length

2X100 or 2X150, 8bp i7 index

28X98, 8bp i7 index

2X150bp, 8bp i7 index

2X50, 8bp i7 index
, 16bp i5 index

Software

Cell Ranger Analysis Pipelines, Loupe scDNA Browser

Cell Ranger Analysis Pipelines, Loupe Cell Browser

Cell Ranger Analysis Pipelines, Loupe Cell Browser, Loupe V(D)J Browser

Cell Ranger ATAC, Loupe Cell Browser

MissionBio (Single cell DNA)

Workflow

Catalog panels

Sample requirements
2X106/mL의 cell

Turnaround time
About 4 weeks

Bioinformatics

10X Genomics (scRNA) Mission Bio (scDNA) Data Report
- Gene Expression Profiling
- Immune Profiling
- Single Cell DNA Target Sequencing Analysis
- Available Custom Panel Design
- Cell Detection and Sequencing Summary
- Clustering Analysis Summary
- Clonal Variant Analysis Summary