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Service

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Targeted Resequencing

Overview

전체 genomic DNA 중에서 타겟으로 정해진 지역의 sequence 만을 분석하는 방법입니다. Genome Wide Association Study(GWAS) 연구결과에 대한 분석이나 특정질병 관련 유전자 구간 등을 선택적으로 획득이 필요한 경우에 보편적으로 이용되고 있습니다. Genome 상의 타켓 지역 sequence 의 확보는 Capture, long range PCR, multiplex PCR 등의 방법을 이용하며 sample 수나 target 구간의 크기에 따라 적절한 방법을 선택할 수 있습니다.

Benefit

선정된 Target을 capture하는 방법으로 원하는 부위에 대한 Probe 또는 Primer Pool 제작이 가능.
- NimbleGen, Agilent, Ion torrent 사의 다양한 platform의 Capture service를 제공.
- HiSeq, 454, PGM, Ion Proton, Pacbio 의 다양한 NGS Sequencer를 이용한 고객 맞춤 서비스 가능.

WorkFlow(example)

GWAS -> 유의유전자 발굴 -> Target 구간 선정 -> Capture probe 또는 Primer Pool 제작

Turnaround time

HiSeq : 3 weeks
454 : 3 weeks
Ion Proton, PGM : Ampliseq < 10 sample : 2 weeks, Ampliseq ≥ 10 sample : 3 weeks
Pacbio : 2 weeks

Sample requirement

platform
protocol
Sample Type
최소농도
최소 volume
QC포함 필요량
HiSeq
SureSelect targeted
gDNA
25ng/ul(3ug) or 8.4ng/ul(1ug)
120ul
4ug or 2ug
HiSeq
Nextera Rapid Capture Custom Enrichment
gDNA
5ng/ul
10ul
500ng
HiSeq
TruSight Cancer
gDNA
5ng/ul
10ul
500ng
HiSeq
TruSight Cardiomyopathy
gDNA
5ng/ul
10ul
500ng
Hiseq
TruSight Inherited Disease
gDNA
5ng/μL
10ul
500ng
HiSeq
TruSight Autism
gDNA
5ng/ul
10ul
500ng
454
Amplicon(fusion primer)
gDNA
10ng/uL
100ul
1ug
454
Amplicon(library prep)
amplicon
32ng/uL
16ul
1ug
Proton
SureSelect(targeted)
gDNA
84ng/ul
120ul
2ug
Proton
LT targeted
gDNA
84ng/ul
120ul
2ug
Proton
Fragment library(amplicon)
gDNA or amplicon
3.4 ng/ul or 6ng/ul
6ul or 50ul
500ng
Proton
amplicon(fusion primer)
amplicon
12.5 ng/ul
4ul
500ng
Proton
cancer panel v2
gDNA
1.7 ng/μL
6ul
500ng
Proton
CCP(Comprehensive cancer panel)
gDNA
17ng/ul
6ul
500ng
Proton
IDP(Inheritied Disease panel)
gDNA
17ng/ul
6ul
500ng
PGM
Fragment library(amplicon)
gDNA or amplicon
3.4 ng/ul or 6ng/ul
6ul or 50ul
500ng
PGM
Fragment library(amplicon)<350bp
gDNA or amplicon
12.5ng/ul or 2.9ng/ul
4ul or 35ul
500ng
PGM
Fragment library(amplicon)>400bp
gDNA or amplicon
12.5ng/ul or 6ng/ul
4ul or 50ul
500ng
PGM
amplicon(fusion primer)
gDNA
12.5ng/ul
4ul
500ng
PGM
cancer panel v2
gDNA
1.7ng
6ul
500ng
Pacbio
amplicon (250bp~2kb)
amplicon
50ng/ul
21ul
3ug
Pacbio
amplicon (5kb~10kb)
amplicon
200ng/ul
30ul
10ug